Belén Allende inicia su actividad política en el Cabildo de El Hierro en 1995 como vicepresidenta primera y consejera insular de Turismo, Recursos Humanos y Desarrollo Económico. En 1999 es elegida diputada tras ser la primera mujer en encabezar una lista electoral al Parlamento, en este caso por Agrupación Herreña Independiente (AHI).

Durante esa legislatura es secretaria segunda de la Mesa del Parlamento y portavoz del Grupo Mixto, además de consejera de Turismo del Cabildo de El Hierro. En la VI Legislatura, tras ser elegida diputada por AHI-CC, es votada para ser secretaria primera de la Mesa del Parlamento.

En la VII legislatura forma parte del Grupo Parlamentario de CC, donde desempeña la portavocía adjunta. En esa misma Legislatura es elegida presidenta del Cabildo de El Hierro, aunque unos meses más tarde sería relevada en el cargo tras una moción de censura. Es entonces cuando pasa a ser la portavoz de la oposición en la institución insular.

Finalmente, en 2015, recupera el cargo en la Corporación insular hasta la fecha y en 2016 se convierte en presidenta de AHI.