Desde 1984, es funcionario público de carrera, técnico del Cuerpo Superior de Administradores (escala Administradores Generales) de la Comunidad Autónoma De Canarias. Entre este mismo año y 1996 ocupó el cargo de jefe de servicio de la Oficina Presupuestaria de la Consejería de Trabajo, Sanidad y Seguridad Social del Gobierno de Canarias.
También ocupó el cargo de jefe de servicio de la Dirección General de Recursos Económicos del Servicio Canario de la Salud hasta 1999 y, hasta 2003, el de director general de Recursos Económicos del Servicio Canario de la Salud.
Además, Juan Carlos ha sido Jefe de Servicio de Planificación, Asignación y Gestión de Recursos de la Dirección General de Recursos Económicos del Servicio Canario de Salud, hasta 2005; Secretario general técnico de la Consejería de Empleo y Asuntos Sociales; Jefe de Servicio de Planificación, Asignación y Gestión de Recursos de la Dirección General de Recursos Económicos del Servicio Canario de Salud entre 2007 y 2008; Director Gerente de la empresa Transportes Interurbanos de Tenerife (TITSA) hasta 2013; y Coordinador general de Hacienda del Cabildo Insular de Tenerife desde octubre de 2013 hasta julio de 2015.